一天，宇宙开发中心的上空发现了来历不明的太空母舰，一名神秘女子出现，随后城市受到了外星机器人的袭击高斯奥特曼及时出现打败了外星机器人，结果又出现了2台外星机器人，高斯陷入危机武藏看到高斯陷入危险，主动与高斯合体，利用技能让2台外星机器人停止行动。就在此时杰斯提斯奥特曼忽然出现，他不但启动了两2台外星机器人，并且还和2台外星机器人联手杀死了高斯。这名神秘女子来到地球不是为了维持宇宙的秩序，而是要把地球上所有生物全部消灭！为了自救，世界各国想尽所有办法去解决眼前的危机。地球即将毁于一旦，大家没有一点办法，除非奇迹出现。然而，武藏的亲人和队友任坚信高斯和武藏还未死去，他们四处奔走寻找，希望奇迹真的能够出现！
