过去——被称为融合症例的少女，在世界行将终焉之际抓住了奇迹，完成了与永恒之枪Symhogear的适合以地球灵长存续之名所执行的人类淘汰——人称“Frontier事变”的一连串骚乱，在以歌连通血脉的少女们的活跃之下画上了终止符，然而新的故事在那之后不久便拉开了帷幕将亚宇宙撕开一条弧线的超音速坠落物体。那是，在拉格朗日点的大气圈外结束了活动，准备回归地球的联合国所属的航天飞机。航天飞机陷入系统故障引起的机能不全，这样下去的话，机体空中分解或是撞击地表将不可避免，面对这一紧急事态，各国领导只是在惊慌失措。曾经两次将世界从前所未有的危机当中拯救出来的Symhogear装者们，由于其力量被视作日本政府保有的军备，即使是人道的救护支援，在国外的活动也无从实现，只得万不得已地待机。那之后经过了100多天。Frontier事变以来，被认定的特异灾害“Noise”再未被观测到，就在知道事件始末的人们都预感到Noise的根绝和受害的停止之时。在本部观测监视器的藤尧朔也和友里葵，确认到了与Noise不同、但近似的反应波形。地点是横滨港大栈桥码头附近。在那里，怀抱小小的盒子，如同逃跑一般奔驰的黑衣——“废弃物11号（Elfnein）”的身影被发现。存在着，毁灭世界的歌曲。现在，尚无人发觉即将来临的威胁，在夏季的夜空下，有的只是舞动的红色粉尘
